HDD при старте за секунды набирает 5 - 6 тыс оборотов, прикинте, какие стартовые токи у HDD от напруги 12 В. Неужели думаете, что постоянное вкл-выкл двигателя и постоянная парковка/распарковка головок удержит HDD от поломки? Вы же не будете спорить с тем, что если так поступать с холодильником, то компрессор неминуемо сдохнет? Здесь тоже самое. Если система отключилась, то включаться обратно ей никак нельзя в течение 3-5 мин. И логика должна быть такой. Стаьте UPS который может работать от внешних аккумуляторов или придумайте схему, которая не позволит включиться системе при разряде аккумуляторов. Помните - в любой электронной системе самое главное источник питания, а остальное просто нагрузка. В конце концов, на своем системнике попробуйте включать и выключать БП, запуская загрузку системы. Посмотрим, сколько проживет.